Село Свиблово впервые упоминается во второй духовной грамоте великого князя Василия I Дмитриевича (около июня 1417 года) как «сельце Федоровьское Свиблово на Яузе»: оно было вотчиной сподвижника Дмитрия Донского — боярина Фёдора Свибло. О других владельцах села в XV—XVI веках практически ничего не известно.

В 1620 году хозяином этой земли стал воевода Лев Плещеев и до конца XVII века село принадлежало роду Плещеевых. В 1623 году на месте старой Троицкой церкви его сын Андрей строит новый храм. В 1692 году владельцем Свиблово стала внучка Льва Плещеева Мария Плещеева, опекуном которой был Кирилл Нарышкин к которому село и перешло после её смерти в 1704 году. По его приказу была вновь перестроена Троицкая церковь, а также построены солодовый завод и дом «петровского барокко». После Полтавской битвы Нарышкин разместил в усадьбе «всяких мастеровых людей» из пленных шведов. Существует мнение, что именно они строили здания усадьбы, а также один из колоколов Троицкой церкви является трофейным шведским колоколом.

Плещеевы неоднократно пытались отсудить Свиблово обратно. В период реформ Петра I в 1721 году Иван Дмитриевич Плещеев смог доказать Юстиц-коллегии правомерность своих притязаний и село было возвращено его семье. Накануне приезда официальных лиц Нарышкин приказал на четыре дня отправить всех крепостных в соседние деревни, чтобы скрыть их от учёта. Из усадьбы вывезли всю мебель «вплоть до дверных ручек» и опустошили склады.  Иван Плещеев не имел средств на восстановление усадьбы и хозяйства, поэтому Свиблово стало приходить в упадок.

В 1723 году герцог Карл-Фридрих Гольштейн берет Свибловскую усадьбу в аренду у новых владельцев. В 1745 году хозяйка усадьбы Мария Плещеевая выходит замуж за генерал-майора Петра Голицына, таким образом усадьба ненадолго переходит роду Голицыных, потому что уже после смерти мужа Мария Плещеева продает усадьбу с прилегающей территорией. В 1782 году село выкупила генерал-майорша Мария Ивановна Высоцкая, в 1806 году по дарственной она уступила Свиблово супругу Николаю Петровичу, который превращает усадьбу в уютный барский дом на берегу пруда. При Высоцких в Свиблове был основан дачный посёлок, одну из дач в котором в 1801—1803 годах снимал Николай Карамзин с молодой женой Елизаветой Протасовой.  Именно там он начал свой монументальный труд История государства Российского.

Пятнадцать лет спустя село за 240 тысяч рублей приобрели в равных долях купцы Кожевников, Квасников и Шошин. В 1823-м Иван Петрович Кожевников выкупил доли компаньонов и открыл в Свиблове суконную фабрику. При Иване Кожевникове главный дом усадьбы принимает нынешний вид — классический особняк с колоннадой и мезонином. Однако Кожевникова как купца больше интересовало практическое использование земли. В 1822 году он строит огромную фабрику — крупный промышленный ансамбль по проекту архитектора Тимофея Простакова, а также застраивает территорию корпусами для рабочих и устанавливает пожарную каланчу. Самое интересное, что все здания были построены в стиле классицизма, то есть напоминали дворцы, а не безликие промышленные корпуса. Мануфактуру оснастили английскими паровыми машинами Берта.

В 1850-е годы были открыты ещё несколько фабрик: шерстопрядильная купца Карасева, суконно-ткацкая купца Синицина, шерстопромывная цехового Вассена и суконная Шапошникова.

Усадьбу Свиблово в то время посещали такие высокие гости как Александр I и Мария Федоровна. К их приезду украшали парк: дороги выстилали алым сукном, а рабочие переодевались в красные рубахи. Вскоре Кожевников настолько увлекся приемами, музыкальными вечерами, театральными постановками и прочим, что практически перестал следить за своими финансами, что привело его к банкротству.

После разорения Кожевникова хозяевами усадьбы становится род купцов Халатовых, первым из которых был Бахши Кириллович Халатов — тифлисский купец 2 гильдии. В 1867-м он приобрел усадьбу Свиблово купилза 42,5 тысячи рублей. В конце XIX века владение принадлежало московскому домовладельцу армянину Аршаку Бакшиевичу (Александру Борисовичу) Халатову (1847—?), крупному торговцу шёлком и другими восточными товарами, затем перешло в собственность к горному инженеру Георгию Бахтияровичу Халатову (1890—1911), который и остается её владельцем до Октябрьской революции.

После революции Свиблово приходит в упадок. Усадьба стояла заброшенной, во флигелях велись ремесленные работы. В главном доме сначала был размещен Революционный комитет местного поселения, а позднее там были созданы коммунальные квартиры для военнослужащих, которые просуществовали там до 1980-х годов. В 1938 году был закрыт и частично разрушен Троицкий храм. Территория усадьбы использовалась для свалки строительного мусора.

В 1930-х годах в северной части современного Свиблова был основан городок Института пути ЦНИИС. Тогда район входил в состав города Бабушкина.

В 1994 году после уничтожившего головной дом пожара усадьба и четыре исторических здания усадебного комплекса были переданы РПЦ, которая восстановила Троицкий Храм.

В 1990 году Патриарх Алексий II обратился с просьбой о возвращение храма Русской православной церкви, которая была удовлетворена. В 1994 году храм получил статус патриаршего подворья, в 1995 году здесь возобновляются богослужения.